استخاره آن حضرت آن است كه قصدت را در خاطر آورده و اين استخاره را مى نويسى و در دو كاغذ قرار داده، و در يك شى ء مثل فندق قرار مى دهى كه هر دو هموزن باشند و در ظرفى كه در آن آب است آنها را قرار مى دهى، در پشت يكى از آنها مى نويسى: انجام ده، و در پشت ديگرى مى نويسى: انجام نده، و اين جملات استخاره است:
آنچه خدا خواهد تحقق يابد، خدايا از تو طلب خير مى كنم، خير آنكه كارش را به تو واگذار كرده، و خود را بتو تسليم نموده، و در كار خويش مطيع تو گرديده، و روى خود براى تو خالص گردانده، و در آنچه بر او فرود آيد بر تو توكل كرده.
خدايا! براى من خير بخواه و بدى برايم مقدر مكن، و به سود من حكم نما و به زيانم حكم نكن، و ياريم فرما و ديگران را بر من يارى مگردان، و كمكم كن و ديگران را بر عليه من كمك نكن، و در كارم بمن نيرو ده و ديگران را بر عليه من يارى مگردان، و مرا به كار خير هدايت فرما، و گمراهم مكن، و به قضاى خود خشنودم نما، و مقدراتت را بر من مبارك گردان، كه براستى تو هر چه انجام دهى و به هر چه اراده فرمائى حكم كنى، و تو بر هر چيز توانائى.
خدايا! اگر خير من در دين و دنيا و پايان كار در اين امر مى باشد آن را بر من آسان گردان، و اگر چنان نيست آن را از من باز گردان، اى مهربانترين مهربانان، براستى تو بر هر چيز توانائى، و خدا ما را بس است و نيكو تكيه گاهى است.
و هر كدام روى آب آشكار شد بدان عمل نما و مخالفت با آن نكن، ان شاء الله، و خدا ما را كافى بوده و او بهترين نگاهبان است.
كان عليه السلام يصلى ركعتين و يقول فى دبرهما مائة مرة: اَسْتَخيرُ اللَّهَ، ثم يقول:
اَللَّهُمَّ اِنّي قَدْ هَمَمْتُ بِاَمْرٍ قَدْ عَلِمْتَهُ، فَاِنْ كُنْتَ تَعْلَمُ اَنَّهُ خَيْرٌ لي في ديني وَ دُنْياىَ وَ اخِرَتي، فَيَسِّرْهُ لي، وَ اِنْ كُنْتَ تَعْلَمُ اَنَّهُ شَرٌّ لي في ديني وَ دُنْياىَ وَ اخِرَتي فَاصْرِفْهُ عَنّي، كَرِهَتْ نَفْسي ذلِكَ اَمْ اَحَبَّتْ، فَاِنَّكَ تَعْلَمُ وَ لا اَعْلَمُ، وَ اَنْتَ عَلاَّمُ الْغُيُوبِ - ثم يعزم.