ولد بعد اخيه عثمان بنحو سنتين وامه فاطمة ام البنين وبقي مع ابيه نحو سنتين ومع اخيه الحسن نحو اثنتي عشرة سنة ومع اخيه الحسين (عليه السلام ) نحو احدى وعشرين سنة وذلك مدة عمره([1]) .

 وروى ان امير المؤمنين (عليه السلام ) سماه باسم اخيه جعفر لحبه اياه([2]) قال اهل السير : لما قتل اخوا العباس لابيه وامه عبد الله وعثمان دعا جعفراً فقال له : (( تقدم الى الحرب حتى اراك قتيلاً كاخويك فاحتسبك كما احتسبتهما فانه لاولد لكم )) . فتقدم وشد على الاعداء يضرب فيهم بسيفه وهو يقول([3]) :

قال ابو الفرج فشد عليه خولي بن يزيد الاصبحي فقتله([4]) .

وقال ابو مخنف بل شد عليه هاني بن ثبيت الذي قتل اخاه فقتله([5]) .

وفي الزيارة :

السلام على جعفر بن أمير المؤمنين الصابر نفسه محتسبا ، والنائي عن الاوطان  مغتربا ، المستسلم للقتال المستقدم للنزال ، المكثور بالرجال ، لعن الله قاتله هاني  ابن ثبيت الحضرمي .